卫生检疫电子监管系统一期工程基于B/S模式开发，主体结构主要由出入境人员、口岸卫生监督、医学媒介生物监测、特殊物品监管四个子系统组成，并有系统管理、在线帮助两个支持模块。口岸卫生监督和特殊物品监管两个子系统还有企业端部分，供申报企业在线注册、查询和提供行政许可的申请材料。

系统按照统一的法规标准、管理要求和操作规程，进行程序化设置，使监管工作电子化、程序化，实现了对同类业务在全国范围内的统一要求、统一管理，体现了检验检疫垂直管理的特点，从根本上规范了执法行为，有效提升了相关卫生检疫业务的监管水平。